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花10分钟学一项技能 ImageJ 图像分析

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imageJ是什么

ImageJ是一个基于java的公共的图像处理软件,它是由National Institutes of Health开发的。可运行于Microsoft WindowsMac OSMac OS XLinux,和Sharp Zaurus PDA等多种平台。其基于java的特点, 使得它编写的程序能以applet等方式分发。

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imageJ可以做什么

概括一下,主要分为以下几个方面:

A.图像的区域和像素统计(大小)。长度,角度, 阳性点密度和数量

B.光密度或灰度,并制备密度直方图和线性图。

C.两种蛋白共定位的程度

D.卷积,Sholl 分析,傅里叶分析

E.更多功能

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imageJ界面简介

界面分为:菜单栏,工具栏和状态栏。

菜单栏:从左至右分别是:文件,编辑,图形,处理,分析,插件,窗口,帮助。

工具栏:从左至右分别是 4种区域选择工具,直线选择工具,角度工具,点工具,魔棒,文字,放大镜,拖手,颜色吸管,动作宏,菜单宏,绘图工具等(颜色吸管以后的内容可以变化),通过点击最右边的>>按钮选择需要的栏目。

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使用imageJ软件之图片编辑

取消(Undo):Edit →Undo, 恢复到前一步,不过只能回退一步,这点和photoshop操作是一样的

恢复(Revert):File →Revert,恢复到上次保存后的状态。

裁剪(Crop):Image →Crop. 方框选择工具选好区域后进行裁剪。

清除界外(Clear Outside):Edit →Clear Outside.将选择区域以外图形清除。相类似Edit→Clear是清除选择区域内部。

改变亮度对比度(Brightness and Contrast):Image →Adjust →Brightness/Contrast, 类似于photoshop里的操作。可以是图形的明暗对比更明显或更模糊。 (Process →Enhance Contrast.这个选项是自动改变对比度,小心使用)

清除噪点:Process →Noise →Despeckle 或者Process →Filters →Median 此外,Process →Noise 选项里面还有添加噪点的选项。

旋转:Image →Transform→Rotate

转化成灰度图:Image →Type →8-bit (8位),或16-bit(16位)

阈值(Thresholding):假设要计算组织或细胞HE染色图片的细胞数量,可以根据细胞核的数目来确定。操作为:Image →Type →8-bit;Image →Adjust →Threshold;通过拖动标杆来设置具体值,最后选择apply。还可自动设置阈值:Process →Binary →Make Binary。

保存文件:存成Tiff的要比jpeg的画质损失要少(File →Save As →Tiff)。

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Image J图像处理软件入门及应用实操

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适宜人群

有图像分析需求的医学科研人员,乃至零基础人员均适合。

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导师介绍

杨春涛

广州医科大学 副教授 硕导

研究方向:主要从事含硫化合物与疾病相关的研究

主持国家自然科学基金和广东省科技计划项目基金,并参与多项国家及省级课题的研究。曾在《ACS Chem Biol》、《Plos One》、《Cell Physiol Biochem》、《Mol Cells》、《Mol Cell Biochem》、《Clin Exp Pharmacol Physiol》以及多种国内核心期刊发表论文数十篇。

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课程目录
  • 第一节 软件的下载与安装

  • 第二节 图片的导入与编辑

  • 第三节 常用功能的展示(上)

①Western blot蛋白条带分析

②阳性细胞基数

③感兴趣区域的计算(长度、面积、灰度等)

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