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circbase数据库环状RNA序列获取方法 | 环状RNA社区

今年以来，国内环状RNA（circRNA）的研究热潮不断升温，越来越多的circRNA如春笋般涌现出来。由于circRNA的结构特殊性，如何采用定量PCR技术对circRNA平行验证成为当下一个热点问题。今天，小编邀请技术部的刘建宁老师继续为大家实例讲解circRNA的引物设计。由于内容丰富，circRNA的引物设计将分上下两篇呈现给大家。

言归正传，我们以环状RNA数据库circbase（http://circbase.org/）中收录的hsa_circ_0063162为例，为小伙伴详细介绍从circRNA序列获取到引物设计的全过程。马上动手试试吧！

CircRNA信息查找

首先访问circbase数据库（http://circbase.org/），如下图所示。
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在Search上方的框中输入：hsa_circ_0063162，点击Search进行查找，查找结果如下图示。

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CircRNA序列下载

3．点击position (genome browser link)

项目下的“chr22:36889679-36889850”，操作界面会跳转至UCSC数据库，界面如下图所示。

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4．点击界面左方

has_circ_0063162

has_circ_0063163

按钮，会打开新的界面，如下图所示。

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5．点击View DNA for this teature(hg19/Human)按钮，进入序列下载界面，如下图所示。
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6．按照默认参数，点击get DNA按钮获取序列，进入界面如下图所示。

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7．将序列复制粘贴至记事本（.txt）中即获取了所需的circRNA序列信息。小伙伴你会了吗？试试获取其他的circRNA序列吧！

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