IMvigor210CoreBiologies包安装指北
希望所有的学徒，实习生，学员都能在生信技能树的舞台上绽放自己的光彩！
下面是第9期学员的随机投稿 2018年的Nature上公开了一份尿路上皮癌(BLCA)的免疫治疗队列数据，而这份数据就储存在IMvigor210CoreBiologies包中。由于免疫治疗队列数据过于稀缺，很多文章便使用了该队列数据进行验证。但是在安装该包的过程中，笔者遇到了一点小问题，今天根据笔者自己在安装过程中遇到的问题，写下这一份安装小教程。
官网教程
官网链接：http://research-pub.gene.com/IMvigor210CoreBiologies/
第一步 source("http://bioconductor.org/biocLite.R")##错误:WithRversion3.5orgreater,installBioconductorpackagesusingBiocManager;
#seehttps://bioconductor.org/install
第二步 biocLite(c("biomaRt","circlize","ComplexHeatmap","corrplot","DESeq2","dplyr","DT","edgeR","ggplot2","limma","lsmeans","reshape2","spatstat","survival","plyr"))
第三步 install.packages("IMvigor210CoreBiologies_1.0.0.tar.gz",repos=NULL)
tips：
-
第一步就遇到了问题，笔者尝试了了安装Bioconductor包继续下一步操作，但是无奈由于各种报错，不得不放弃。所以我选择了下载IMvigor210CoreBiologies_1.0.0.tar.gz文件进行本地安装。(http://research-pub.gene.com/IMvigor210CoreBiologies/packageVersions/)
-
在本地安装过程中，笔者又出现了依赖包问题。根据官网的介绍我们需要的DESeq2作为依赖包。但是!!!实际安装过程中，真正需要的是DESeq包。以下为报错信息：
install.packages("IMvigor210CoreBiologies_1.0.0.tar.gz",repos=NULL)
##错误，缺少“DESeq”依赖包(由于笔者已经安装成功，无法正确显示包错信息，请大家谅解)
当时，笔者秉着缺啥补啥的心理，那我们就安装一下DESeq包嘛。但是，他又报错了。。。。
install.packages('DESeq')
#Warningininstall.packages:
#package'DESeq’isnotavailableforthisversionofR
#AversionofthispackageforyourversionofRmightbeavailableelsewhere,
#seetheideasat
#https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-patched/R-admin.html#Installing-packages
后来经过笔者的不断尝试最终安装成功，下面为大家带来小教程。。。。。
- 进入Bioconductor官网下载DESeq安装包
官网地址：http://bioconductor.org/
- 搜索DESeq
可以看到有很多种版本的DESeq包版本，根据笔者的经验，下载__1.38.0版本即可。教程到这，如果可以成功安装DESeq就可以结束，但是，笔者又出下了以下报错。我要哭了。。。
install.packages("DESeq_1.38.0.tar.gz",repos=NULL)#Warninginsystem(cmd):'make'notfound
#ERROR:compilationfailedforpackage'DESeq'
#removing'C:/Users/myname/Documents/R/win-library/3.5/ConvCalendar'
#InRCMDINSTALL
#Warningininstall.packages:
#installationofpackage'DESeq’hadnon-zeroexitstatus
刚开始笔者不断在网站上搜索compilationfailed for package 'DESeq'的报错原因，但是一直未能得到解决。准备放弃，打开王者荣耀时，我瞟了一眼'make'not found，因为只是警告信息，笔者一直未注意到它，抱着死马当活马医的心态又开始了网页搜索，最终得出结论，是Rtools没有安装。
- Rtools的检测与安装
library(devtools)
#Loadingrequiredpackage:usethis
devtools::find_rtools()
[1]FALSE##返回值为FALSE则表示，Rtools未安装。
2)Rtools安装
##安装依赖包
install.packages("installr")
install.packages("stringr")
##加载依赖包
library(stringr)
library(installr)
install.Rtools()
3)Rtools路径设置
第一步，打开Rstudio，复制下面代码，并运行：
writeLines('PATH="${RTOOLS40_HOME}\\usr\\bin;${PATH}"',con="~/.Renviron")
#不用管代码什么意思，傻瓜运行就好。(这句代码意思其实就是创建一个Renviron文件，指明Rtools主页的路径。)
#完成之后，重启一下Rstudio。
#第二步，接着和第一步一样，在Rstudio，复制下面代码，并运行：
Sys.which("make")
#完成后，Rtools便自动配置完成路径，傻瓜式操作。教程到了这里问题就基本解决了，下面就来安装DESeq和IMvigor210CoreBiologies包。
- 安装DESeq和IMvigor210CoreBiologies
install.packages("IMvigor210CoreBiologies_1.0.0.tar.gz",repos=NULL)
代码成功运行，没有报错。
再来加载一下。
library(IMvigor210CoreBiologies)#载入需要的程辑包：Biobase
#载入需要的程辑包：BiocGenerics
#载入需要的程辑包：parallel
#载入程辑包：'BiocGenerics’
#Thefollowingobjectsaremaskedfrom'package:parallel’:
#clusterApply,clusterApplyLB,clusterCall,clusterEvalQ,
#clusterExport,clusterMap,parApply,parCapply,parLapply,
#parLapplyLB,parRapply,parSapply,parSapplyLB
#Thefollowingobjectsaremaskedfrom'package:stats’:
#IQR,mad,sd,var,xtabs
#Thefollowingobjectsaremaskedfrom'package:base’:
#anyDuplicated,append,as.data.frame,basename,cbind,colnames,
#dirname,do.call,duplicated,eval,evalq,Filter,Find,get,grep,
#grepl,intersect,is.unsorted,lapply,Map,mapply,match,mget,
#order,paste,pmax,pmax.int,pmin,pmin.int,Position,rank,
#rbind,Reduce,rownames,sapply,setdiff,sort,table,tapply,
#union,unique,unsplit,which.max,which.min
#WelcometoBioconductor
#Vignettescontainintroductorymaterial;viewwith
#'browseVignettes()'.TociteBioconductor,see
#'citation("Biobase")',andforpackages'citation("pkgname")'.
完美!!!!!
最后有点小体会跟大家总结一下：有时候千万不要忽略Warning信息，就一个包装了好几个小时，血的教训呀。
https://blog.csdn.net/yangli2852/article/details/95635373
https://blog.csdn.net/weixin_40606698/article/details/104381315
https://zhuanlan.zhihu.com/p/346947595
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