彭子益是“中医复兴之父” 李可
此篇内容是原理上篇的进一步深化，是民国29年四川国医学院版《系统的古中医学》原理篇内容，其内容有部分与上篇重复，为了便于上下文理解，同时为保持原貌予以保留。此篇内容适于学医已成，有一定临床经验的医师学习。
二、伤寒论六经原文读法篇
彭氏认为人身表有荣卫，里有脏腑，皆六气之所生，《伤寒论》六篇是讲伤寒本气自病的道理，本篇从六气表里人手，理清伤寒六篇的理路，以本气自病为主线，把全书内容贯穿起业。本篇分上、中、下三篇以及传经篇、疑难篇、类伤寒病篇，由易到难，每篇后对读法又作一总结，是学习《伤寒论》好教材。
三、时方改错篇
是作者针对当时学医多从《汤头歌诀》入手，而此书方义解释有正确的，也有错误的，本书用河图圆运动的理，阐述方义，改正原书的错误，是一本极有价值的方剂书。对《汤头歌诀》中解释完备的，则评为“原解极好”，具体内容可参阅原书。
四、杂症治法篇
此篇内容以《惟物论的系统医学》杂症治法篇为底本，参考《实验系统中医学》杂病根源篇辑录，此篇主要内容为用圆运动的原理，讲解十二经升降主病，寒热虚实诸证，用温清补泻之法，恢复升降之理。
五、金匮药性脉法医案女科外科读法篇
此篇是彭氏学医的心得，他从圆运动的原理出发，介绍了金匮、药性、脉法、医案、女科、外科的学习方法，以及相关的著作。
六、附录
1．《实验系统中医学》伤寒理路篇此篇包括《伤寒论》药性简释、方名次序、六经提纲、经方歌括以及《伤寒论》原文(未录入)。其经方歌括不以背诵药物组成为目的，而是讲方剂功效应用为主，是独具特色的方歌，也是学习、运用经方的助手。
2．中医的王道之法是李建西医生在李可老师指导下，研究《圆运动的古中医学》的心得，言简意赅地阐述了圆运动的理，生动活泼地用自己的实践证实了古中医的疗效，是学习《圆运动的古中医学》不可多得的好资料。
七、此次点校出版对原书段落重新标点，并整理出目录，对明显印刷排版错字、缺字、重复在原文上直接改正，统一修改了古今通假字，竖排改为横排，以求更易于阅读。
八、原书“注释王孟英先生医案篇”遗失，未能补入；《实验系统医学》温病汗泄篇与温病本气篇类同，未录入；《实验系统医学》系统药性篇与药性提纲篇类同，未录入；《实验系统医学》伤寒理路篇中的经方原文未录入。
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