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生工技术 | 怎样对蛋白序列进行比对

ncbi蛋白质序列比对_蛋白序列比对分析_

在进行蛋白研究时,有时候知道蛋白的序列,但不知道这个蛋白的序列具体对应的是哪个蛋白或者需要研究蛋白序列的相似性,所以需要进行比对。关于蛋白序列的比对有两种方法。在NCBI上可以进行蛋白的比对,也可以用 上对相关信息进行比对。

NCBI蛋白序列比对

打开NCBI的网址:, 点击页面上的“blast”。

蛋白序列比对分析__ncbi蛋白质序列比对

打开页面后可以看到有四个选项, Blast,,以及 Blast, Blast是输入碱基序列,碱基序列和数据库中的核酸序列进行比对;是输入核酸序列,核酸序列经翻译成蛋白质后与蛋白质数据库中的序列进行比对;使用蛋白序列在由核酸翻译的数据库中查询相似的序列; Blast是输入氨基酸序列,氨基酸序列和数据库中的蛋白序列进行比对。因为需要利用氨基酸序列确定是哪种蛋白,所以,点击“ Blast”。

蛋白序列比对分析__ncbi蛋白质序列比对

点击后进入此页面。

蛋白序列比对分析__ncbi蛋白质序列比对

将氨基酸序列输入序列框,进行blast,出现下图页面

_ncbi蛋白质序列比对_蛋白序列比对分析

往下拉,可以看到相关描述,点击方框中的内容可直接看到具体的分析匹配信息。

蛋白序列比对分析_ncbi蛋白质序列比对_

点击方框内容后可看到下图中的内容。

_蛋白序列比对分析_ncbi蛋白质序列比对

蛋白比对

打开的网址: ,点击页面上的“blast”。

ncbi蛋白质序列比对__蛋白序列比对分析

跟NCBI不同的是,的blast是将蛋白或核酸的序列和蛋白序列数据库进行比对,寻找相似蛋白序列,无法像NCBI一样进行交叉比对。

点击后进入此页面,填好选择好后点击“Run Blast”。

蛋白序列比对分析_ncbi蛋白质序列比对_

出现如下页面可以看到相关比对信息,可以看到分析相关信息。

_ncbi蛋白质序列比对_蛋白序列比对分析

点击“View ”可以看到相关下图中的内容。

ncbi蛋白质序列比对__蛋白序列比对分析

可以看到,不匹配的氨基酸会以空白显示。

序列比对是非常有用的功能,使用序列比对,可以对未知蛋白进行溯源、比对蛋白之间的同源性、查询蛋白保守区域等。上述两个网站是最常用的蛋白序列在线比对工具,能够让我们随时随地分析蛋白的序列信息。

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